? ? ? ? 香港中文大學(深圳)理工學院本科生隋昊臣同學(2015級統計學與數據科學專業)與朱寶亭教授的學術論文在Biomolecules期刊上成功發表。

? ? ? ? Biomolecules 生物分子(ISSN 2218-273X)是一本國際同行評審的開放獲取期刊,專注于生物物質及其生物功能、結構、與其他分子的相互作用,以及它們的微環境以及生物系統。期刊目前位于生物化學與分子生物領域Q1區,影響因子為4.6。

?

?

作者檔案

? ? ? ? 隋昊臣

? ? ? ? 學院:理工學院

? ? ? ? 書院:學勤書院

? ? ? ? 專業:統計學與數據科學

? ? ? ? 高中:四川省成都七中

? ? ? ? 隋昊臣同學是我校理工學院四年級統計學與數據科學專業學生,本論文的共同第一作者,其高中畢業于成都七中。隋同學于大二下學期進入了朱寶亭教授的藥物開發實驗室。目前,他已有一篇一作論文發表,一篇一作論文接收。他的研究領域包括數據科學,機器學習,計算生物,量子化學以及量化金融。

?

隋昊臣同學(左)與到時朱寶亭教授(右)

?

導師簡介

? ? ? ? 朱寶亭教授

? ? ? ? 朱寶亭教授現任香港中文大學(深圳)理工學院副院長,教授。他的研究領域涵蓋基礎分子藥理學、腫瘤藥理學、及疾病分子機理學。主要研究重點是關于甾體激素及食源性化合物在癌癥預防和治療中的作用以及它們在細胞和分子水平上的作用機理。他已在國際上以第一或通訊作者發表了近130余篇高質量科學論文,引用約8000次。

?

論文介紹

? ? ? ? 發表期刊:Biomolecules

? ? ? ? 期刊簡介:Biomolecules 生物分子(ISSN 2218-273X)是一本國際同行評審的開放獲取期刊,專注于生物物質及其生物功能,結構,與其他分子的相互作用,以及它們的微環境以及生物系統。期刊目前位于生物化學與分子生物領域Q1區,影響因子為4.6。

? ? ? ? 論文題目:Stimulation of the Production of Prostaglandin E2 by Ethyl Gallate, a Natural Phenolic Compound Richly Contained in Longan

? ? ? ? 論文摘要:本文通過結合生物實驗與計算模擬的方式,探究了環氧化酶(COX)蛋白中的過氧化物酶催化和再激活的分子機理,并首次發現沒食子酸乙酯類藥物小分子在進入下圖所示的COX蛋白位點之后,可以通過電子轉移等機理產生藥效作用,進而促進相關蛋白酶的再次活化并有效防止其發生自殺失活現象。因為沒食子酸乙酯是龍眼中的主要功能化合物之一,所以本研究為龍眼具有“生火”的藥理作用提供了分子機理和解釋。另外,本文的發現對設計以COX為靶點的新型藥物具有指導意義和參考價值。

?

?

對話

? ? ? ? Q1:?開始這篇論文的契機是什么?這篇論文是有關酸乙酯和生物酶的研究,學長的專業是統計學與數據科學,在研究當中負責哪一個部分,專業知識給了你哪些幫助?

? ? ? ? A1:?我認為能開始這篇論文乃至我所負責的整個項目的契機便是一個人的自主科研能力與主動與教授交流的能力。

? ? ? ? 在自主科研方面,因為我的本科是數據科學專業,但是整個諾獎研究院的科研方向為藥物開發,缺少足夠的生物知識讓我在科研起步階段感覺到了很大的壓力。我當時的做法是搜集與我課題相關的各種期刊論文,進行逐一詳細閱讀標記,記錄其論文中操作的關鍵點,并通過自學進行驗證。整個科研過程中,我基本上將空閑時間全部投入到了實驗室的工作中,經常一下課便去實驗室繼續數據測試。在這樣的高強度自學過程中,便會發現自己對項目的理解和對問題的直覺會大大提升。

? ? ? ? 在主動與教授交流方面,因為高強度的自學必然會帶來許多自己無法解決的生物方面問題,我每天會主動聯系朱教授進行一對一的問題探討。其實和朱教授這樣的大牛保持每天的交流是我整個項目成功的最重要的一點。在和朱教授交流的過程中,一些自己的疑惑點會被迅速解答,一些潛在的未知問題可以得到很深入的分析建議。同時,教授的經驗保證了我在項目的前進道路上不會走偏,大大提高了我的科研效率。

? ? ? ? 在這樣的科研積淀中,通過不斷的交流和學習,便會開始嘗試解決一些目前科研界尚未解決的問題點,這些問題點也最終成為了我推進項目的目標與動力所在。

? ? ? ? 我們的實驗室大體可以分為實驗組和計算組。我在研究中主要負責整個計算建模的工作。我的計算方面工作包括統計建模分析,生物數據挖掘,生物分子對接模擬,分子動力學模擬和量子化學計算。我們需要學會利用數據對潛在的生物藥物分子進行前期篩選,利用計算生物軟件對篩選出的藥物分子進行蛋白質測試動態模擬以及利用量子化學軟件對模擬的各種化學參數進行計算預估。

? ? ? ? 可能很多人會覺得數據科學和生物不怎么掛鉤,但是我對數據科學的理解為其就是一個工具包,需要我們將其應用到各種領域去,而生物便是我所發現的數據科學一大應用領域。首先,數據科學培養了我對數據的一種敏感性,所以在面對大量生物數據的時候,我會很容易地發現數據之間的關系并選擇合適的模型進行搭配測試。其次,數據科學本身就需要我們有很強的技能組合能力,所以其讓我能將數據挖掘建模,計算生物模擬,量子化學計算三大計算版塊有效的結合起來并測試出最佳計算方案。

?

?

? ? ? ? Q2:?作為一名數據科學的大四學長,你對學弟學妹們有什么建議嗎?在咱們學校學習的這三年,你覺得自己最大的改變是什么?收獲是什么?遺憾又是什么?

? ? ? ? A2:?作為一名數據科學的學生,我覺得數據科學最重要的就是要多去應用。課堂上我們會學到一些統計,機器學習,數據庫等的理論知識,但這是遠遠不夠的。我們學校有各種各樣可以利用到我們專業知識的科研項目,我們應該主動去聯系相關的教授,多去嘗試一些科研項目方面的應用。同時,網絡上目前也有許多數據科學方面的全球性競賽,我們在閑暇的時候可以多去參加一些比賽,積累比賽中的各種建模方法,這樣也有助于我們更好的理解自己的專業知識。

在學校的這三年,我覺得自己最大的改變就是主動性強了很多,敢于主動去找大牛教授們直接交流想法問題,敢于直接參加一些大型活動積累自己的人脈,同時在課程學習的基礎上也能主動去嘗試一些挑戰來增強自己的知識儲備。我覺得這種能力的收獲是十分寶貴的,但也正因為在香港中文大學(深圳),才讓我有了更多的可能讓自己發生蛻變。當然遺憾就是自己快要畢業了哈哈。

?

文案:劉浩翔(2017級理工學院、思廷書院)